胚胎发育不良可能由多种因素引起，包括染色体异常、母体因素、环境因素等。
一、染色体异常
染色体数目或结构的异常是导致胚胎发育不良的重要原因。例如，胚胎染色体非整倍体异常较为常见，如21 - 三体综合征等，这种异常会严重干扰胚胎正常的生长发育进程，从受孕早期就影响胚胎的正常分化与组织器官形成。
二、母体因素
- 内分泌异常：母体的内分泌系统对胚胎发育至关重要。如黄体功能不全，会使孕激素分泌不足，影响子宫内膜的容受性，不利于胚胎着床与发育；甲状腺功能异常，无论是甲状腺功能亢进还是减退，都可能干扰胚胎发育所需的激素环境，从而导致胚胎发育不良。
- 全身性疾病：孕妇患有某些全身性疾病，像糖尿病，若血糖控制不佳，长期高血糖环境会影响胚胎的代谢，阻碍胚胎正常发育；严重的高血压也会影响胎盘的血液灌注，使胚胎得不到充足的营养供应，进而出现发育不良情况。
三、环境因素
- 化学物质接触：孕妇接触过多的有害化学物质，如苯、甲醛等，这些物质可能通过胎盘影响胚胎，干扰细胞的正常分裂、分化等过程，增加胚胎发育不良的风险。
- 辐射暴露：长期处于高辐射环境中，如接受过量的医用辐射等，辐射会损伤胚胎的细胞DNA，破坏胚胎的正常发育程序，导致胚胎发育异常。
四、其他因素
- 免疫因素：母体自身免疫异常，如存在抗磷脂抗体综合征等，会使胎盘血管发生血栓形成等改变，影响胎盘的血液供应，致使胚胎营养物质摄取不足，引发发育不良。
- 感染因素：孕期感染某些病原体，如风疹病毒、巨细胞病毒等，这些病原体可通过胎盘侵袭胚胎，干扰胚胎的正常发育过程，造成胚胎发育不良。