酪酸梭菌活菌散一般耐受性较好，但也可能存在一些潜在危害。通常来说，正常按医嘱服用时不良反应较少，但个别人可能出现胃肠道不适等情况。
一、胃肠道方面的可能反应
轻度腹胀： 部分人在服用酪酸梭菌活菌散后，可能会出现轻度的腹胀感，一般程度较轻，不影响继续用药，多数人可自行适应。轻微腹痛： 极少数人可能会出现轻微的腹痛症状，但通常疼痛程度很轻，不会对身体造成严重影响。
二、过敏相关危害
皮肤过敏表现： 极个别对酪酸梭菌活菌散过敏的人可能出现皮肤过敏症状，如皮肤瘙痒、出现皮疹等。皮疹可能表现为散在的小红点或小丘疹，分布在身体的不同部位。呼吸道过敏迹象： 罕见情况下可能出现呼吸道过敏反应，如打喷嚏、鼻塞、呼吸稍显急促等，但这种情况发生的概率非常低。
三、与其他药物相互作用带来的潜在影响
与抗菌药物同用的情况： 当酪酸梭菌活菌散与某些抗菌药物同时使用时，可能会影响酪酸梭菌活菌散的疗效。比如与大环内酯类抗生素、喹诺酮类抗生素等合用时，抗菌药物可能会抑制酪酸梭菌活菌的活性，从而降低酪酸梭菌活菌散调节肠道菌群等的作用。与吸附剂同用的影响： 如果同时服用具有吸附作用的药物，像药用炭等，药用炭可能会吸附酪酸梭菌活菌，进而影响酪酸梭菌活菌散在肠道内发挥作用。