一般情况下，拔智齿三天后疼痛会逐渐减轻，如果三天后仍然疼痛，可能是由以下原因引起。
1.干槽症
干槽症是拔牙后常见的并发症之一，多发生在拔牙后3-5天，主要表现为拔牙窝剧烈疼痛，可向耳颞部、下颌区或头顶部放射，一般止痛药不能缓解。检查时可发现拔牙窝空虚，有腐败变性的血凝块，牙槽骨壁表面有灰白色假膜覆盖。
2.术后感染
如果拔牙后不注意口腔卫生，或拔牙创内残留有食物残渣等，可能会引起术后感染，导致拔牙创红肿、疼痛。
3.其他
如邻牙损伤、智齿牙根折断等，也可能导致拔牙后疼痛。
如果拔智齿三天后仍然疼痛，建议及时就医，进行口腔检查和X线检查，以明确原因，并采取相应的治疗措施。同时，在拔牙后的恢复期间，应注意口腔卫生，避免食用辛辣、刺激性食物，避免吸烟、饮酒等。