宝宝先天性心脏病的发生与多种因素有关。据研究，大约2%的先天性心脏病患儿是由遗传因素导致的，比如染色体畸变，像21-三体综合征等染色体异常疾病常伴有先天性心脏病。
遗传因素相关
基因遗传：某些特定的基因突变可能会增加宝宝患先天性心脏病的风险。如果家族中有先天性心脏病患者，尤其是一级亲属（父母、子女、兄弟姐妹）中有患病情况，宝宝患病几率相对会高一些。染色体异常：除了21 - 三体综合征，13 - 三体综合征、18 - 三体综合征等染色体异常疾病也常常合并先天性心脏病，这类染色体异常约占先天性心脏病病因的5%左右。
孕期环境因素影响
母亲孕期感染：母亲在怀孕早期如果感染了风疹病毒，宝宝患先天性心脏病的风险会明显增加。一般来说，怀孕前3个月内母亲感染风疹，宝宝先天性心脏病的发生率可高达50%左右。另外，流感病毒、巨细胞病毒等感染也可能对胎儿心脏发育产生不良影响。孕期接触有害物质：孕妇在孕期接触放射性物质，比如在没有防护的情况下接触X射线等，或者接触一些化学毒物，像农药、甲醛等，会干扰胎儿心脏的正常发育，增加宝宝患先天性心脏病的可能性。
孕期用药等其他因素
孕期服用特定药物：母亲在孕期服用某些药物也可能导致宝宝先天性心脏病。例如，孕妇在早期服用了维A酸类药物，可能会影响胎儿心脏的正常形成。还有一些抗癫痫药物，也有增加胎儿患先天性心脏病的风险。孕期不良生活习惯：孕妇孕期大量吸烟、酗酒，烟草中的尼古丁和酒精都会通过胎盘影响胎儿，干扰心脏的发育过程，使宝宝更容易患上先天性心脏病。比如，孕妇每天吸烟超过10支，宝宝患先天性心脏病的风险比不吸烟孕妇的宝宝要高20%左右。