抗生素使用不当会带来诸多危害及后果。据相关研究，不合理使用抗生素可能导致约30%的抗生素使用属于不恰当情况。
导致细菌耐药性产生
长期滥用易使细菌耐药： 当频繁且不规范使用抗生素时，细菌会逐渐适应抗生素的作用，从而产生耐药性。例如，原本对青霉素敏感的肺炎链球菌，可能因为长期使用青霉素，逐渐演化出能抵抗青霉素的菌株，使得后续治疗该细菌感染时，需要使用更强效的抗生素，甚至可能出现无药可用的极端情况。耐药菌感染更难治疗： 耐药菌引起的感染往往治疗难度增大。像耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）感染，治疗时可能需要使用万古霉素等强效抗生素，而且疗程通常更长，治疗费用也会大幅增加，患者承受的痛苦也更多。
破坏肠道菌群平衡
影响消化功能： 肠道中有大量有益菌群，抗生素在杀灭有害菌的同时，也会无差别地杀伤有益菌群，导致肠道菌群平衡被打破。比如长期使用广谱抗生素后，可能会出现腹泻症状，这是因为肠道有益菌减少，影响了正常的消化吸收功能，使得食物的消化和营养的吸收受到阻碍。引发二次感染风险： 肠道菌群失衡还会增加二次感染的风险。当原本维持肠道生态稳定的有益菌被大量杀灭后，一些原本处于劣势的条件致病菌就可能大量繁殖，引发新的感染，如假膜性肠炎等，给患者健康带来更大危害。
损害肝肾功能
对肝脏的损害： 部分抗生素需要通过肝脏代谢，长期或大量使用可能会加重肝脏负担，导致肝功能异常。例如，某些大环内酯类抗生素，长期使用可能引起转氨酶升高等肝脏损伤表现，影响肝脏的正常代谢和解毒功能。对肾脏的损害： 一些抗生素主要通过肾脏排泄，不合理使用可能损害肾脏功能。像氨基糖苷类抗生素，可能会引起肾小管损伤，导致肾功能减退，严重时可能发展为急性肾衰竭，需要进行透析等肾脏替代治疗，给患者的生活质量和健康带来严重影响。