儿童肾病综合征的病因较为复杂，其中原发性肾病综合征约占儿童肾病综合征的90%左右，其发病与自身免疫功能紊乱有关。而继发性肾病综合征则有多种病因，比如感染因素，像乙型肝炎病毒、丙型肝炎病毒等感染可能引发儿童肾病综合征，有研究显示约10% - 20%的儿童乙型肝炎相关肾炎会表现为肾病综合征；还有过敏因素，儿童对某些食物、药物等过敏也可能诱发肾病综合征，比如对牛奶、鸡蛋等食物过敏的儿童，在接触相关过敏原后有可能出现肾病综合征表现。
原发性肾病综合征病因
免疫因素主导： 儿童自身免疫系统发育尚不完善，容易出现免疫紊乱。在原发性肾病综合征中，T淋巴细胞功能紊乱是重要环节，T细胞亚群失衡会导致机体免疫调节失常，使得肾小球滤过膜的屏障功能遭到破坏，大量蛋白质从尿中丢失，从而引发肾病综合征。遗传倾向存在： 有一定的遗传易感性，若家族中有亲属患过肾病综合征，儿童患病的风险会相对增加，但具体的遗传机制还在进一步研究中，不过已经发现某些基因的突变与原发性肾病综合征的发生有一定关联。
继发性肾病综合征病因
感染相关： 除了病毒感染，细菌感染也可能引发。比如链球菌感染后，部分儿童可能出现急性肾小球肾炎，进而发展为肾病综合征，而且感染会持续激活机体的免疫反应，加重肾脏损伤。过敏因素： 除了食物和药物过敏，吸入性过敏原也可能导致儿童肾病综合征。像花粉、尘螨等吸入性过敏原引起儿童过敏反应，波及肾脏时就可能引发肾病综合征，这种情况下需要避免儿童接触相关过敏原，减少复发风险。其他系统疾病： 一些自身免疫性疾病也可能累及肾脏导致肾病综合征，比如系统性红斑狼疮，儿童患系统性红斑狼疮时，肾脏是常见的受累器官之一，约50%以上的系统性红斑狼疮儿童会出现肾病综合征的表现，这是因为自身抗体攻击肾脏组织，破坏肾小球结构和功能。