儿童做头部核磁共振检查通常是安全的，一般不会有明显的副作用。但在极少数情况下，可能会出现一些轻微的不适，具体如下：
1.幽闭恐惧症：核磁共振检查需要在一个狭窄、封闭的空间内进行，这可能会让一些儿童感到恐惧或焦虑。如果儿童有幽闭恐惧症，可能会在检查过程中出现哭闹、不安等情绪。
2.噪声：核磁共振检查时会产生较大的噪声，这可能会让一些儿童感到不适。医生通常会在检查前给儿童戴上耳塞或耳机，以减轻噪声的影响。
3.对比剂过敏：如果儿童需要注射对比剂进行核磁共振检查，可能会对对比剂过敏。过敏反应的症状包括皮疹、呼吸困难、恶心、呕吐等。但这种情况非常罕见，医生会在检查前询问儿童的过敏史，并进行相应的准备。
4.身体不适：在检查过程中，儿童需要保持静止不动，这可能会让一些儿童感到不适或疲劳。此外，如果儿童本身就有身体不适，如头痛、恶心等，可能会在检查过程中加重。
需要注意的是，核磁共振检查是一种非常重要的医学检查方法，可以帮助医生诊断儿童的脑部疾病。在决定是否进行核磁共振检查时，医生会综合考虑儿童的病情、年龄、身体状况等因素，并在检查前向家长具体分析检查的过程、风险和注意事项。家长可以在检查前与医生充分沟通，了解儿童的具体情况，并根据医生的建议做出决定。