HPV阳性的处理需要根据具体情况来定。大部分HPV阳性不需要特殊治疗，因为约80%的人感染HPV后，会在1 - 2年内靠自身免疫力清除病毒。
自身免疫清除为主
人体自身免疫系统有清除HPV的能力，对于大部分HPV阳性且没有引起病变的情况，主要是依靠自身免疫力来清除病毒。一般来说，免疫力正常的人群，感染低危型HPV后，在10 - 12个月内清除的概率较高；感染高危型HPV后，在8 - 24个月内清除的概率也不低。所以首先要做的是增强自身免疫力，比如保持良好的生活习惯，保证充足的睡眠，每天尽量保证7 - 8小时的睡眠时间；还要均衡饮食，多摄入富含维生素、蛋白质的食物，像新鲜的蔬菜（如西兰花、胡萝卜等）、水果（如苹果、橙子等）以及瘦肉、鱼类等。
针对引起病变的情况处理
低危型HPV引起病变
如果低危型HPV引起了生殖器湿疣等病变，医生可能会采用物理治疗方法。例如激光治疗，通过激光的高温将疣体烧灼掉。一般来说，激光治疗一次可能无法完全清除，可能需要根据疣体的情况进行多次治疗。还有冷冻治疗，利用低温使疣体组织坏死脱落，冷冻治疗后局部可能会有肿胀、疼痛等反应，通常在1 - 2周内会逐渐恢复。
高危型HPV引起病变
当高危型HPV引起宫颈上皮内瘤变等病变时，要根据病变的程度来处理。如果是低级别宫颈上皮内瘤变，部分也有可能自然消退，但需要定期复查，一般建议每6 - 12个月进行一次宫颈TCT（薄层液基细胞学检测）和HPV检测。如果是高级别宫颈上皮内瘤变，可能需要进行宫颈锥切术等手术治疗，通过手术切除病变组织，防止病情进一步发展为宫颈癌。
定期复查很重要
无论HPV阳性是低危型还是高危型，都需要定期复查。对于没有引起病变的HPV阳性人群，一般建议每6 - 12个月复查一次HPV和宫颈TCT（如果是宫颈相关情况）。如果发现HPV持续感染，尤其是高危型HPV持续感染超过1年，就需要引起重视，进一步做阴道镜等检查，以便及时发现可能出现的病变并进行处理。同时，在复查过程中要保持良好的心态，压力过大也可能影响免疫力，不利于HPV的清除。