胃窦部分腺上皮呈低级别上皮内瘤变通常不严重，但属于癌前病变的一种，需要及时治疗。具体治疗方法如下：
1.内镜下治疗：对于较小的病变，可采用内镜下黏膜切除术（EMR）或内镜下黏膜剥离术（ESD）进行治疗。这些方法可以切除病变组织，达到治疗目的。
2.手术治疗：对于病变较大、内镜下治疗困难或不适合内镜治疗的患者，可能需要进行手术治疗。手术方式包括胃部分切除术或全胃切除术。
3.定期复查：治疗后需要定期进行胃镜和病理检查，以监测病情的变化。医生会根据复查结果调整治疗方案或决定是否需要进一步治疗。
此外，患者在治疗期间需要注意饮食调整，避免食用辛辣、刺激性食物，减少对胃黏膜的刺激。同时，要保持良好的生活习惯，避免吸烟、饮酒等。
需要注意的是，胃窦部分腺上皮呈低级别上皮内瘤变的治疗方法应根据患者的具体情况制定，包括病变的大小、位置、患者的年龄、健康状况等因素。患者应在医生的指导下进行治疗，并严格按照医嘱进行复查和随访。