药物流产和人工流产不能简单判定哪个伤害小，一般怀孕49天内且符合药物流产指征的情况下，药物流产相对损伤小些，药物流产完全流产率约为90%左右，而人工流产也有其适应情况。
适用情况方面
药物流产：适用于妊娠≤49日，年龄小于40岁的健康女性，且B超确诊为宫内妊娠。它是通过服用米非司酮和米索前列醇等药物来终止妊娠，不需要进行宫腔内操作。人工流产：适用于妊娠10周内要求终止妊娠且无禁忌证者，或者因各种疾病不宜继续妊娠者。需要通过手术器械进入宫腔内操作来终止妊娠。
对身体损伤程度方面
药物流产：对子宫的直接损伤相对较小，不过存在流产不全的风险，一旦流产不全就需要再次清宫，这会增加感染、出血等风险。药物流产后的出血时间相对较长，一般在1 - 2周左右，有的可能会长达1个月。人工流产：如果手术操作规范，对子宫的直接损伤在手术当时相对可控，但也存在子宫穿孔、宫颈损伤等风险。人工流产后的出血时间相对较短，一般在7天左右干净，但术后可能会出现宫腔粘连、子宫内膜损伤等并发症。
术后恢复方面
药物流产：术后恢复时间相对较长，因为出血时间长，身体恢复需要更多时间来调整。在恢复期间需要密切观察阴道出血情况，如有异常及时就医。人工流产：术后恢复相对药物流产稍快一些，但也需要注意休息，一般休息2周左右基本可以恢复日常活动，但也需要关注子宫恢复情况以及有无感染等问题。