小肚子有点痛可能由多种原因引起，比如女性生理期时，约60%-90%的女性在月经期间会有下腹疼痛，一般在月经来潮后几小时内出现，疼痛程度因人而异。
妇科相关原因
痛经：分为原发性痛经和继发性痛经。原发性痛经多发生在青春期，主要与月经时子宫内膜前列腺素含量增高有关，前列腺素升高会引起子宫平滑肌过强收缩、血管痉挛，造成子宫缺血、缺氧状态而出现痛经。继发性痛经多见于子宫内膜异位症、子宫腺肌病等疾病，是由于异位的内膜组织在月经周期中也会出现出血等情况，刺激周围组织引起疼痛。妇科炎症：如盆腔炎，女性上生殖道的一组感染性疾病，包括子宫内膜炎、输卵管炎等，炎症刺激会导致小肚子疼痛，同时可能伴有阴道分泌物增多、异常阴道出血等症状。附件炎也是常见原因，附件包括输卵管和卵巢，附件发生炎症时会引起下腹部疼痛，通常为双侧，活动或性交后疼痛可能加重。
肠道相关原因
肠炎：多由细菌、病毒感染等引起，比如急性肠炎，进食被细菌或其毒素污染的食物后，短时间内就可能出现小肚子疼痛，常伴有腹泻、恶心、呕吐等症状。慢性肠炎则病程较长，小肚子会反复出现隐痛，可能还会有消化不良、大便习惯改变等表现。肠梗阻：肠道内容物通过障碍，会引起小肚子疼痛，同时伴有呕吐、腹胀、停止排气排便等症状。如果是不完全性肠梗阻，疼痛相对较轻，可能为阵发性隐痛；完全性肠梗阻时疼痛较剧烈，呈持续性绞痛。
泌尿系统相关原因
膀胱炎：主要由细菌感染引起，膀胱黏膜受到刺激，会出现小肚子疼痛，常伴有尿频、尿急、尿痛等膀胱刺激症状，排尿时尿道有烧灼感，严重时可出现血尿。输尿管结石：当结石在输尿管内移动时，会引起小肚子部位的绞痛，疼痛较为剧烈，呈阵发性，同时可能伴有血尿、恶心、呕吐等症状，疼痛可放射至同侧腹股沟及会阴部。