肝脓肿通常是由细菌、真菌或阿米巴原虫等病原体感染引起的。其中细菌性肝脓肿较为常见，约占肝脓肿的大部分。
一、细菌感染引起肝脓肿
1. 经胆道逆行感染： 胆道蛔虫症、胆管结石等胆道疾病是引起细菌性肝脓肿的常见原因。比如，胆道蛔虫可将肠道内的细菌带入胆道，进而逆行进入肝脏，引发感染。据统计，约有50%的细菌性肝脓肿与胆道疾病相关。2. 经门静脉感染： 患有阑尾炎、细菌性痢疾、痔核感染等疾病时，细菌可经门静脉系统进入肝脏。例如，阑尾化脓时，细菌可随门静脉血流到达肝脏，引起肝脓肿。
二、阿米巴原虫感染引起肝脓肿
阿米巴肝脓肿是肠道阿米巴病最常见的并发症。肠道内的阿米巴滋养体可通过门静脉系统进入肝脏。通常是因为患者食用了被阿米巴包囊污染的食物或水，包囊在肠道内脱囊成为滋养体，进而侵入肠壁小静脉，随血流到达肝脏。
三、真菌感染引起肝脓肿
免疫力低下的人群容易发生真菌感染导致肝脓肿，比如长期使用广谱抗生素、免疫抑制剂的患者，或患有糖尿病、艾滋病等基础疾病的患者。真菌可经血液循环侵入肝脏，如白色念珠菌等真菌，在机体免疫功能低下时，容易在肝脏内定植繁殖，引发肝脓肿。