颅内感染时脑脊液检查包括常规、生化、革兰氏染色、抗酸染色、墨汁染色、torch系列、免疫球蛋白、脑脊液细胞学等。
脑脊液常规主要是看脑脊液内的白细胞及红细胞数目，正常脑脊液内白细胞数在8~10个以内，红细胞数应该为0.白细胞数目超过正常值，提示存在炎症感染可能，红细胞数超过正常值提示可能存在继发性出血，或者有穿刺损伤。
生化指标则是以糖和氯化物以及蛋白为主，各类型感染时蛋白有不同程度的升高，病毒感染糖和氯化物多正常，细菌和结核感染，会有糖和氯化物的明显降低。
革兰氏染色是用来查有没有细菌，抗酸染色是用来检查结核分枝杆菌，墨汁染色是用来查隐球菌。torch系列是为了查病毒抗体。
免疫球蛋白主要是检查有无其他免疫性炎症。脑脊液细胞学则是为了进行，脑脊液细胞的分类计数，有助于鉴别感染的类型，以及发现特殊的病原体，比如隐球菌，还能用来帮助诊断脑膜癌。