小儿抽动症的病因，尚不明确，多数情况下应该与以下的原因有关系:如儿童的特殊体质，很容易出现小儿抽动症的发生的;精神因素，特别是孩子的精神系统还没有发育完全，会出现小儿的冲动的现象，以及容易出现异常运动性条件反射的可能性。
脑部的发育异常，也是有可能导致孩子出现抽动症的。病理表现主要的是脑部的皮质、纹状体、丘脑环路的去抑制状态，同时患者还会伴有尾状核功能的过度兴奋，所以患者会出现不自主的抽动以及行为的紊乱现象。
还有的人认为与感染因素有关系，如链球菌感染后，身体内会产生抗体，并且这些抗体与中枢神经元发生交叉免疫，而出现交叉免疫反应而引起的。
近期的研究，可能与神经生理因素、遗传因素以及生化代谢因素、环境因素都是有可能导致患者出现异常症状的发生的。