男性结扎是一种相对安全有效的避孕方式，但也可能存在一些副作用。一般来说，男性结扎后的副作用发生率较低，但仍有一些情况需要了解。
局部不适方面
术后短期疼痛： 在结扎术后的1~2天内，部分男性可能会感到阴囊部位有轻微疼痛或坠胀感，这是比较常见的情况，通常经过休息等一般处理后会逐渐缓解。长期局部不适感： 少数人可能会出现阴囊内不适感，比如偶尔会感觉阴囊部位有隐隐的异样，但这种情况相对较少见，大多数人随着时间推移会适应。
性功能方面
对性欲影响： 男性结扎并不会影响睾丸产生精子和分泌雄性激素，所以一般不会影响性欲，大部分人的性欲和术前没有明显变化。对勃起功能影响： 目前大量临床研究表明，男性结扎通常不会影响阴茎的勃起功能，勃起功能主要受神经、血管等多种因素调控，结扎手术一般不会干扰这些因素。
心理方面
初期心理压力： 部分男性在结扎前可能会有一定心理负担，担心结扎会对自己的身体或生活产生不良影响，不过这种心理压力在了解结扎的原理和安全性后大多能缓解。后期心理变化： 结扎后，当避孕效果明确后，一些男性可能会感到轻松，心理状态趋于平稳，但也有少数人可能会因为周围人看法等因素仍有一些心理上的小波动。
其他可能情况
附睾淤积症： 比较少见，一般在结扎术后数月出现，表现为附睾肿胀、疼痛等。这是因为精子无法正常排出，淤积在附睾内引起的，不过通过一些药物治疗或其他处理大多可以改善。感染风险： 虽然结扎手术感染概率很低，但如果术后不注意个人卫生等，仍有发生阴囊部位感染的可能，表现为局部红肿、疼痛加剧等，此时需要及时就医处理。