小脑萎缩的原因有多种。一般来说，遗传因素是其中一个重要方面，约有50%的小脑萎缩患者与遗传基因异常有关，比如某些常染色体显性或隐性遗传突变会导致小脑萎缩相关蛋白异常，引发神经细胞逐渐退化。
遗传因素导致
基因缺陷遗传：一些特定的基因突变会遗传给后代，像SCA（脊髓小脑性共济失调）相关基因的突变，会使患者从儿童期至中年不等的年龄段逐渐出现小脑萎缩症状，表现为共济失调、运动协调障碍等。家族遗传倾向：如果家族中有小脑萎缩患者，那么家族其他成员患小脑萎缩的风险比普通人群要高，有研究显示家族遗传型小脑萎缩的发病率相对较高。
神经系统疾病引发
多发性硬化：这是一种中枢神经系统炎性脱髓鞘疾病，当病变累及小脑部位的神经纤维时，长期的炎症损伤会逐渐导致小脑萎缩，患者可能出现眼球震颤、平衡失调等表现，病情会随着病程进展而逐渐加重。帕金森病晚期：帕金森病患者在疾病进展到晚期时，部分会出现小脑萎缩的情况，主要是因为疾病长期影响神经系统功能，导致小脑组织发生退行性改变，进而影响运动调控等功能。
中毒因素影响
酒精中毒：长期大量饮酒的人，酒精及其代谢产物会对小脑产生毒性作用，损害小脑的神经细胞，导致小脑萎缩。一般饮酒10年以上且每日酒精摄入量较多的人群，发生小脑萎缩的概率明显增加，会出现步态不稳、认知功能下降等症状。药物中毒：某些药物长期或过量使用也可能引起小脑萎缩，比如长期大剂量使用抗癫痫药物丙戊酸钠，可能会对小脑造成一定损伤，进而导致小脑萎缩，不过这种情况相对较为少见，但仍需引起重视。