避孕药可能带来一些危害，比如约有1% - 2%的女性在服用复方口服避孕药时会出现不规则阴道出血。
对月经周期的影响
经期紊乱：部分女性服用避孕药后可能出现经期改变，有的会使月经量减少，甚至有20%左右的女性会出现闭经情况，但这种闭经通常在停药后3个月内可恢复。经期延长或缩短：还有些人服用后经期时长会发生变化，原本3 - 7天的经期可能延长或缩短。
对代谢的影响
体重变化：少数女性服用避孕药后可能出现体重增加，一般是因为避孕药中的雌激素可能引起水钠潴留，大约有5% - 10%的女性会有这种情况。血脂改变：长期服用避孕药可能影响血脂水平，使低密度脂蛋白升高，高密度脂蛋白降低，增加心血管疾病潜在风险，但这种影响在停药后多数可逐渐恢复。
对健康的潜在风险
血栓风险：虽然整体概率不高，约为每年每千人中有3 - 9例，但服用避孕药确实会增加静脉血栓形成的风险，尤其是有吸烟习惯、年龄较大（35岁以上）的女性风险更高。乳腺问题：有研究发现，长期服用避孕药可能使乳腺小叶增生的发生率略有上升，但一般不会导致严重的乳腺疾病恶化。不过如果本身有乳腺疾病家族史或乳腺异常情况，服用时需谨慎。