地衣芽孢杆菌一般副作用较少见，但也可能出现一些情况。通常来说，正常服用时副作用相对轻微，但个体差异不同可能会有不同表现。
胃肠道方面的可能反应
轻微胃肠不适：部分人服用地衣芽孢杆菌后可能出现轻度的胃肠不适，比如个别人可能会有腹胀的感觉，但一般程度较轻，不影响继续用药，通常在适应药物后会逐渐缓解。胃肠功能紊乱人群需留意：本身胃肠功能较差的人，在服用地衣芽孢杆菌时，相对健康人群出现胃肠不适的概率可能会稍高一些，但一般也多为比较轻微的症状。
过敏相关情况
过敏极罕见：地衣芽孢杆菌引起过敏反应非常罕见。不过，对于有过敏体质的人来说，还是需要提高警惕。一旦在服用过程中出现皮疹、瘙痒等疑似过敏症状，应立即停药，并及时就医。
与其他药物相互作用带来的影响
与抗生素同用需注意：地衣芽孢杆菌是活菌制剂，若与抗生素同时服用，有可能影响其疗效。比如一些广谱抗生素，可能会杀灭地衣芽孢杆菌，所以如果因病情需要同时使用抗生素和地衣芽孢杆菌，一般建议间隔2-3小时服用，以减少相互影响。特殊人群联合用药需谨慎：对于肝肾功能不全等特殊人群，在同时使用其他药物与地衣芽孢杆菌时，更要密切关注身体反应，最好在医生的指导下进行联合用药，因为特殊人群的代谢等情况可能会使药物相互作用产生的影响更复杂。
长期服用的潜在情况
长期服用需评估：一般来说短期服用地衣芽孢杆菌副作用较少，但如果长期服用，目前虽然缺乏大规模长期使用的大量数据，但从药物作用机制等角度考虑，长期服用可能会干扰肠道自身的菌群调节平衡，所以不建议毫无必要地长期服用地衣芽孢杆菌，如有长期用药需求，应在医生的专业评估下进行。