卵巢囊肿月经后有可能消失，不过这得看囊肿的类型。比如生理性的卵巢囊肿，像卵泡囊肿，通常在月经周期的特定阶段形成，一般直径多在5厘米以下，在月经结束后复查，有大概1/3的概率会自然消失。
生理性卵巢囊肿的情况
卵泡囊肿： 正常情况下，卵泡发育成熟后会排卵，如果卵泡没有破裂排卵，继续生长就形成卵泡囊肿。一般直径通常小于5厘米，在月经周期的黄体期后，很多会在月经来潮后缩小或消失。比如超声检查发现直径小于5厘米的卵泡囊肿，月经干净后再复查，有较大可能看不到囊肿了。黄体囊肿： 排卵后形成黄体，若黄体血肿液化形成黄体囊肿，一般也多在月经后缩小。多数黄体囊肿直径小于3厘米，月经结束后再检查，很多就消失了。
病理性卵巢囊肿的情况
卵巢子宫内膜异位囊肿： 这是子宫内膜异位到卵巢形成的囊肿，里面是像巧克力样的液体，这类囊肿不会在月经后消失。它会随着月经周期反复出血，囊肿会逐渐增大，还可能引起痛经、不孕等问题。超声检查能发现囊肿有分隔等特征，月经后复查囊肿不会消失。卵巢浆液性囊腺瘤或黏液性囊腺瘤： 属于卵巢的良性肿瘤，这类囊肿是上皮细胞异常增生形成的，不会因为月经而消失。一般需要通过手术等方式处理，比如直径超过5厘米的浆液性囊腺瘤，月经后复查依然存在。
如何判断囊肿性质
超声检查： 通过超声观察囊肿的形态、大小、囊壁情况等。比如生理性囊肿通常边界清晰，壁薄；病理性囊肿可能边界不清，有分隔等。一般建议月经干净后3 - 7天去做超声复查，能更准确判断囊肿情况。肿瘤标志物检查： 像CA125等肿瘤标志物，若病理性囊肿是肿瘤性的，可能会有指标异常。但肿瘤标志物只是辅助判断，最终还得靠超声等检查结合来确定囊肿性质。