脑蛛网膜囊肿如果没有引起临床症状或者没有出现占位效应，不论大小和部位，均不需要特殊处理，只需要定期随诊复查即可。如果出现了占位效应或者出现了症状，比如头痛、恶心、呕吐、嗜睡、癫痫等，就需要考虑进行手术治疗，就是去除脑蛛网膜囊肿的方法。手术治疗应该相对比较慎重，多用于有症状和囊肿有张力者。手术的方法主要有:
1、囊肿分流，是治疗脑蛛网膜囊肿方法之一，多使用低压管分流至腹腔。
2、内镜辅助下囊肿穿透术，但是容易复发，而且有一定的并发症。
3、开颅手术切除部分囊壁，使囊肿与周围脑池沟通，该种方法有开颅手术的常见风险，而且许多病人术后仍需要进行分流手术。