小儿阴茎短小可能是以下原因所致：
1.遗传因素：阴茎与身体其他器官一样，其大小及形态特点要受遗传基因的控制。
2.发育与营养状况：一般来说，成年男性体格健壮，身材高大，其外生殖器包括阴茎、阴囊的发育也较好，阴茎可能较为粗大，反之则可能小一些，但是值得指出的是，阴茎的大小不会与身高成正比例，常可以见到一些身高不足1.60米的男性，其阴茎勃起时可以达到18厘米以上。
3.肥胖：一些小腹部、耻骨联合部、会阴部脂肪丰满突出的男性，往往阴茎的发育欠佳，比起正常男性的阴茎会相对短小。的确，与肥大的身体相比，这种短小的阴茎在婚后可能会给性生活带来一定的困难和不理想。
4.其它：如内分泌紊乱，男性激素水平不足，阴睾或阴囊肿胀产生的阴茎“回缩”等，都可能造成阴茎短小。
如果发现孩子的阴茎与同龄人相比明显短小，建议及时就医，以确定病因并进行相应的治疗。