做胃镜检查一般来说风险较低，但也可能存在一些相对轻微的危害。一般正规操作下，严重危害发生概率较低，但仍需了解。
检查过程中的不适反应
短暂的恶心呕吐： 在胃镜检查过程中，胃镜通过咽喉部进入食管、胃内时，很多人会出现短暂的恶心、呕吐感，这是比较常见的反应，一般检查结束后很快就能缓解。咽喉部不适： 检查后可能会感觉咽喉部有轻微的疼痛或异物感，通常1 - 2天内会自行消失，这是因为胃镜通过咽喉部时对局部黏膜有一定的刺激。
可能的黏膜损伤
轻微黏膜擦伤： 虽然现在胃镜多为高清且操作较精细，但仍有极小概率导致胃或食管黏膜出现轻微擦伤，不过这种擦伤大多能自行修复，一般不会造成严重后果。通常在检查后注意饮食，避免刺激性食物，很快就能恢复。出血风险： 极少数情况下，比如本身有消化道溃疡且溃疡较深、血管丰富，或者操作时动作过于粗暴，可能会引起少量出血，但这种情况经过相应处理大多能止住，严重大出血的情况非常罕见。
特殊人群的风险
高血压患者： 做胃镜时可能会因为紧张等因素导致血压短暂升高，对于本身血压控制不稳定的高血压患者，需要提前告知医生，在检查前调整好血压，检查过程中医生也会密切关注血压情况。心脏病患者： 患有心脏病的患者做胃镜时，可能会因为检查刺激引起心率、心律的改变，尤其是本身有冠心病等较严重心脏疾病的患者，需要在检查前评估心脏功能等情况，必要时在心脏科医生参与下进行检查。