便血后肛门轻微疼痛可能由以下原因引起：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，典型表现为肛门疼痛、便血和便秘。初期肛裂仅在肛管皮肤上有小溃疡，数日后可愈合。陈旧性肛裂裂口较深，边缘增厚、基底硬，症状持续不愈。
2.内痔：以便血和脱出为主要症状，多为无痛软性肿块。内痔发展到一定程度即能脱出肛门外，有时是便后痔核脱出肛门外，经肛门复位，症状暂时消失。
3.肛管或直肠下段的肿瘤：肛管或直肠下段的肿瘤，如直肠癌、肛管癌，常常导致便血，并伴有肛门疼痛。
4.其他：肛门直肠损伤、肛窦炎、直肠炎等也可能引起便血和肛门疼痛。
如果出现便血和肛门轻微疼痛，建议及时就医，进行详细的检查，以确定病因，并采取相应的治疗措施。在等待就医期间，应注意保持肛门清洁，避免久坐久立，饮食清淡，避免辛辣刺激性食物。