怀孕两个月有褐色分泌物，可能是以下原因造成的：
1.先兆流产：怀孕两个月时，褐色分泌物可能是先兆流产的表现。胚胎着床后，胎盘尚未完全形成，可能会因为母体激素水平不足、子宫畸形、染色体异常等原因而导致先兆流产，出现阴道少量出血，血液在子宫内停留时间较长，就会呈现褐色。
2.宫外孕：受精卵在子宫体腔以外着床称为异位妊娠，俗称宫外孕。宫外孕时，胚胎发育不良，也可能会导致阴道出血，出现褐色分泌物。
3.葡萄胎：葡萄胎是一种良性滋养细胞疾病，因妊娠后胎盘绒毛滋养细胞增生、间质水肿，而形成大小不一的水泡，水泡间借蒂相连成串，形如葡萄而得名。葡萄胎患者会出现停经后阴道流血，多为暗褐色，还可能伴有水泡样组织排出。
4.宫颈息肉：宫颈息肉是宫颈管黏膜局部增生，逐渐向外突出形成的息肉样赘生物，息肉质地脆弱，触碰后容易出血，表现为阴道少量出血，色鲜红，或白带中夹有血丝，或为血性白带。
5.其他：阴道炎、宫颈炎、子宫内膜息肉等也可能会导致怀孕两个月有褐色分泌物。
总之，怀孕两个月有褐色分泌物是一种异常情况，需要及时就医，进行相关检查，如B超、血HCG、孕酮等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，孕妇应注意休息，避免剧烈运动和性生活，保持心情愉快，遵医嘱进行治疗和复查。