胆碱酯酶低可能由多种原因引起。一般来说，肝脏疾病是常见原因之一，比如肝硬化患者，其肝脏合成胆碱酯酶的能力下降，可能导致胆碱酯酶水平降低。另外，有机磷农药中毒也会使胆碱酯酶活性降低，因为有机磷农药会抑制胆碱酯酶的活性。
肝脏疾病相关原因
肝病导致合成减少： 当患有慢性肝炎时，肝细胞受损，影响胆碱酯酶的合成。例如，慢性乙型肝炎患者，如果病情处于活动期，肝脏功能受到明显影响，胆碱酯酶的产生就会不足。肝硬化患者肝脏结构破坏严重，正常肝细胞数量减少，胆碱酯酶的合成能力大幅下降，进而使血液中胆碱酯酶水平降低。急性肝病情况： 急性重型肝炎发病急骤，肝细胞大量坏死，胆碱酯酶的合成急剧减少，此时胆碱酯酶降低往往提示病情比较严重，预后可能较差。
有机磷农药中毒因素
中毒机制： 有机磷农药进入人体后，会与胆碱酯酶活性中心的丝氨酸羟基结合，形成磷酰化胆碱酯酶，使胆碱酯酶失去活性，不能正常分解乙酰胆碱，导致乙酰胆碱在体内蓄积，出现一系列中毒症状，同时血液中的胆碱酯酶活性明显降低。一般接触有机磷农药后数小时内，胆碱酯酶活性就会有明显变化。不同中毒程度表现： 轻度中毒时，胆碱酯酶活性可能降至正常的50% - 70%；中度中毒时，活性可降至30% - 50%；重度中毒时，活性可能低于30%。
其他少见原因
营养不良方面： 长期营养不良的人，身体缺乏合成胆碱酯酶所需的营养物质，如蛋白质等，也可能导致胆碱酯酶水平偏低。比如一些长期节食减肥的人，营养摄入不均衡，就可能出现这种情况。神经系统疾病影响： 某些神经系统疾病也可能间接影响胆碱酯酶的水平，虽然相对少见，但也有报道显示，如重症肌无力等神经系统疾病患者，可能会伴随胆碱酯酶的异常。不过这种情况相对复杂，需要进一步的检查来明确具体机制。