半夜肚子疼醒可能由多种原因引起，比如胃肠道痉挛，这种情况比较常见，大约有30% - 40%的人可能会因为胃肠道痉挛在半夜出现肚子疼的情况。
胃肠道痉挛导致
饮食因素引起： 如果睡前吃了过多生冷、辛辣的食物，像大量吃冰淇淋、辣椒等，就可能刺激胃肠道，引发痉挛从而导致半夜肚子疼。比如一次吃了超过200克的冰镇西瓜，就可能刺激肠胃。腹部着凉引起： 夜间睡眠时腹部没有做好保暖，肚子受冷后，胃肠道的平滑肌会收缩，进而引起痉挛性疼痛。
消化系统疾病导致
胃溃疡： 患有胃溃疡的人，夜间胃酸分泌相对较多，胃酸会刺激溃疡面，就容易在半夜出现肚子疼的情况，疼痛多呈隐痛、胀痛或烧灼样痛。一般胃溃疡患者疼痛有一定规律，多在餐后1小时左右出现，持续1 - 2小时后缓解，如果半夜胃酸分泌刺激溃疡面，就可能疼醒。胆囊炎： 胆囊结石、胆囊炎患者，在夜间平卧时，结石容易移动，刺激胆囊收缩，引发右上腹的疼痛，疼痛可能放射到右侧肩部，半夜也可能发作导致肚子疼醒。
肠道寄生虫感染导致
蛔虫感染： 如果肠道内有蛔虫寄生，夜间虫子活动较活跃，可能会引起肠道的痉挛性疼痛，多表现为脐周的疼痛。儿童相对更容易发生蛔虫感染，据统计，儿童蛔虫感染率在一些卫生条件较差地区能达到20% - 30%。
泌尿系统疾病导致
输尿管结石： 当输尿管内有结石时，结石会刺激输尿管平滑肌，引起剧烈的绞痛，疼痛可放射至下腹部、会阴部等，半夜也可能突然发作导致肚子疼醒。结石较小的情况下，可能在活动后移动刺激输尿管引发疼痛。