许多脑肿瘤（尤其良性肿瘤）如果能达到手术全切，效果比较好且不一定会留下后遗症。但是有些肿瘤切除术后会有后遗症，如大脑的肿瘤手术以后，有很少一部分病人由于术中对脑组织的损伤，可能会使脑细胞的膜电位发生改变，进而发生细胞的异常放电，可能会发生癫痫。
另外不同部位的肿瘤，手术以后可能会产生相应部位的功能障碍。如：一、额叶前部的肿瘤，术后可能出现额叶精神症状；二、额叶中央前回脑肿瘤，术后可能会出现对侧肢体偏瘫；
三、顶叶的肿瘤，术后可能会出现对侧肢体感觉障碍；四、小脑肿瘤手术以后，可能会出现走路不稳等平衡障碍；五、垂体瘤手术以后，可以出现一过性的尿崩。
如手术中有损伤，可能出现的情况有：一、如果术中损伤了垂体柄，可能会出现永久性尿崩。二、如果视神经损伤，可能会造成视力视野的障碍。
三、垂体瘤术中，对于正常脑组织垂体组织的损伤，手术以后可能出现垂体功能低下。四、颅咽管瘤术中损伤下视丘，术后大部分会遗留尿崩症状，严重者可能出现昏迷甚至死亡，有些病人也可能出现视神经的直接损伤，或者是供血动脉的损伤，造成视力视野的障碍。
五、听神经瘤术中可能造成面神经的损伤，遗留周围性面瘫。病人表现为病侧嘴歪眼斜，口角不能闭合、流口水，笑的时候口角向对侧偏斜，眼睛不能闭合。
胶质瘤术后大部分可能会复发。