怀孕合并卵巢囊肿，需要根据囊肿的性质、大小、症状等因素综合考虑，采取个性化的处理方案。以下是一般的处理建议：
1.密切观察：在怀孕早期，囊肿可能会因为怀孕引起的激素变化而增大，或者出现黄体囊肿等生理性囊肿。这种情况下，医生通常会建议定期进行超声检查，密切观察囊肿的变化情况。如果囊肿没有明显增大、没有引起症状，一般不需要特殊处理。
2.手术治疗：如果囊肿较大（直径大于5厘米）、存在扭转、破裂、恶变等风险，或者引起了明显的症状（如腹痛、腹胀、呼吸困难等），可能需要手术治疗。手术的时机和方式需要根据具体情况而定，一般会选择在怀孕相对稳定的时期进行，如怀孕3个月以后。手术方式包括囊肿剔除术、卵巢切除术等。手术过程中需要注意保护胎儿的安全，尽量减少对胎儿的影响。
3.保守治疗：对于一些较小的、无症状的囊肿，或者不适合手术治疗的情况，可以选择保守治疗。保守治疗的方法包括定期复查、使用药物等。使用的药物一般是孕激素拮抗剂，如黄体酮、地屈孕酮等，有助于抑制囊肿的生长。
4.终止妊娠：如果囊肿是恶性的，或者怀疑有恶变，或者囊肿的生长速度很快，严重影响了胎儿的发育和孕妇的健康，可能需要终止妊娠，并进行手术治疗。
需要注意的是，每个孕妇的情况都不同，治疗方案需要根据具体情况制定。在处理怀孕合并卵巢囊肿的问题时，医生会充分考虑孕妇和胎儿的安全，权衡利弊，制定最适合的治疗方案。孕妇和家人也应该积极配合医生的治疗，按时进行产前检查，密切关注胎儿的发育情况。如果有任何异常情况，应及时告知医生，以便及时处理。