冲击波治疗可能出现的副作用相对较少，但也需引起重视。一般来说，其副作用发生率较低，不过仍有一些情况需要留意。
局部皮肤反应
局部疼痛与红肿： 治疗后部分患者可能出现治疗部位局部疼痛，一般在治疗后的1 - 2天内较为明显，还可能伴有轻微红肿，这是因为冲击波作用于局部组织引起的应激反应。通常这种疼痛和红肿会逐渐缓解，不需要特殊处理，但要注意保持局部清洁，避免刺激。皮下淤血： 少数情况下，可能会出现皮下淤血，表现为治疗部位皮肤出现青紫色斑块，这是由于冲击波导致局部微小血管破裂出血引起的。一般皮下淤血会在1 - 2周内逐渐吸收消退。
骨骼肌肉方面
肌肉酸痛： 接受冲击波治疗后，部分患者会出现治疗部位附近肌肉酸痛的情况，尤其是在治疗后的几天内较为明显。这种肌肉酸痛一般会随着时间推移慢慢减轻，患者可以通过适当休息、局部热敷等方式来缓解不适。关节活动受限： 个别患者在接受冲击波治疗后可能会出现短暂的关节活动受限，比如肩关节周围进行冲击波治疗后，可能会感觉肩关节活动不灵活。但这种情况大多是暂时的，通过适当的康复锻炼等一般可以逐渐恢复。
全身反应
头晕乏力： 极少数患者在冲击波治疗后可能会出现头晕、乏力的全身反应，这可能与治疗时的应激状态等因素有关。一般休息一段时间后，症状会逐渐消失。不过如果头晕、乏力症状持续不缓解或加重，需要及时就医评估。恶心不适： 也有极个别患者可能会出现恶心等不适的全身反应，其具体机制尚不十分明确，但如果出现此类情况，应密切观察患者的状况，必要时采取相应的对症处理措施。