灰指甲通常由皮肤癣菌等真菌感染引起，治疗药物主要有外用药物和口服药物。一般来说，外用抗真菌药物疗程较长，可能需要数月，而口服抗真菌药物相对见效快些，但要注意药物的副作用等情况。
外用抗真菌药物
阿莫罗芬搽剂：它是一种局部外用的抗真菌药，通过抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成发挥作用。使用时要先清洁病甲，然后将搽剂均匀涂抹在病甲及周围皮肤上，每周使用1 - 2次。不过，对于严重的灰指甲，单独使用阿莫罗芬搽剂效果可能有限。环吡酮胺乳膏：同样属于外用抗真菌药，能改变真菌细胞膜的完整性，从而影响真菌的代谢。使用时需将乳膏涂抹在病甲处并轻轻按摩，使其渗透进去。但外用药物的吸收相对有限，对于指甲增厚严重的情况，药物渗透可能不太理想。
口服抗真菌药物
伊曲康唑：是一种合成的三氮唑类广谱抗真菌药，它可以抑制真菌细胞色素P450酶，干扰真菌麦角固醇的合成。服用伊曲康唑采用冲击疗法，即吃一周停三周为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程。不过，使用伊曲康唑前需要检查肝功能，因为它可能会对肝脏有一定影响，有肝脏疾病的患者要慎用。特比萘芬：是一种烯丙胺类抗真菌药物，能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜麦角鲨烯的合成，发挥抗真菌作用。特比萘芬一般是每天口服一次，疗程相对伊曲康唑较短，通常手指甲灰指甲需要服用6 - 12周，脚趾甲灰指甲需要服用12 - 16周。但同样，使用前也需要关注肝功能情况。
辅助治疗措施
保持足部清洁干燥：灰指甲患者要经常更换鞋袜，保持脚部的清洁和干燥，因为潮湿的环境容易滋生真菌，不利于灰指甲的治疗和恢复。比如，每天晚上可以用温水泡脚后，彻底擦干脚部，尤其是脚趾缝等部位。避免与他人共用生活用品：灰指甲具有传染性，要避免与他人共用拖鞋、脚盆、指甲刀等生活用品，防止将真菌传染给他人，同时也能防止自身再次感染。例如，家庭中如果有成员患有灰指甲，要单独使用自己的指甲刀等个人物品。