卵巢良恶性肿瘤的鉴别可以从多个方面入手。一般来说，通过影像学检查、肿瘤标志物检测以及临床表现等可以初步鉴别。比如，超声检查是常用的手段，良性肿瘤通常边界清晰，多为囊性；恶性肿瘤往往边界不清，可能有实性成分。
一、影像学表现差异
超声检查表现： 良性卵巢肿瘤超声下多为单房性囊性肿块，边界清晰，内部回声均匀。例如，卵巢浆液性囊腺瘤，超声可见圆形或椭圆形无回声区，包膜完整。而恶性卵巢肿瘤超声表现多样，常为囊实性或实性肿块，边界不清，内部回声杂乱，可能有乳头样突起等。像卵巢浆液性囊腺癌，超声下可见囊壁增厚，有实性部分及乳头回声。CT及MRI表现： 良性卵巢肿瘤在CT或MRI上通常形态规则，与周围组织分界清楚，强化程度较轻。比如卵巢成熟畸胎瘤，CT上可见脂肪密度影等特征表现。恶性卵巢肿瘤则形态多不规则，与周围组织粘连明显，强化程度较高，常有腹膜转移等表现，在MRI上T2加权像等可显示异常信号。
二、肿瘤标志物不同
CA125： 良性卵巢肿瘤患者血清CA125水平多正常或轻度升高，一般小于35U/mL。而恶性卵巢上皮性肿瘤患者血清CA125水平常明显升高，尤其在卵巢浆液性囊腺癌中，约80%的患者CA125水平高于35U/mL。但需要注意，一些非卵巢恶性肿瘤如胰腺癌、肺癌等也可能有CA125升高，另外一些良性疾病如盆腔炎等也可能导致CA125轻度升高。AFP： 甲胎蛋白（AFP）对卵巢内胚窦瘤有特异性价值，卵巢内胚窦瘤患者血清AFP明显升高，而良性卵巢肿瘤及其他恶性卵巢肿瘤患者AFP多正常。
三、临床表现有别
良性肿瘤表现： 良性卵巢肿瘤患者一般症状较轻，早期可能无明显症状，随着肿瘤增大，可能出现腹部包块、腹胀等，但多为渐进性，生长缓慢。例如卵巢纤维瘤，患者可能因腹腔积液出现腹胀等表现，但一般情况尚可。恶性肿瘤表现： 恶性卵巢肿瘤患者症状往往较重，病情进展快。早期可能有腹部不适、腹胀等非特异性症状，随着病情发展，可出现消瘦、贫血等恶病质表现，还可能有腹水、腹痛等。比如卵巢未成熟畸胎瘤，患者可能在短期内出现腹部肿块迅速增大，伴有腹痛等症状。