生理海水鼻喷雾剂相对比较安全，正常使用时副作用较少，但少数人可能出现一些情况。一般来说，其副作用发生率较低，大约在1% - 5%左右。
局部刺激方面
鼻腔短暂刺痛： 个别人在使用生理海水鼻喷雾剂时，可能会出现鼻腔短暂的刺痛感，这通常是因为喷头接触鼻腔黏膜时产生的轻微刺激，一般持续时间很短，几秒钟内就会消失。鼻腔干燥感： 极少数人使用后可能会感觉鼻腔有轻微的干燥，这是因为生理海水在湿润鼻腔后，水分蒸发可能会带来短暂的干燥体验，但通常程度很轻，通过适当增加使用频率或配合其他保湿措施可缓解。
过敏反应情况
轻度过敏表现： 极个别人可能对生理海水中的某些成分过敏，出现鼻腔瘙痒、轻微的打喷嚏频繁等症状。如果出现这些情况，应立即停止使用该鼻喷雾剂，并观察症状是否缓解。严重过敏罕见： 严重的过敏反应如呼吸困难、面部肿胀等非常罕见，发生率极低，但一旦出现需立即就医处理。
与其他药物相互作用
对药物吸收无明显影响： 生理海水鼻喷雾剂一般不会与其他药物发生明显的相互作用。它主要是局部作用于鼻腔，不会进入血液循环对其他口服或注射药物的吸收、代谢等产生干扰。不过，在同时使用其他鼻腔用药时，建议间隔一定时间，比如间隔15 - 30分钟，以避免不同药物在鼻腔内相互影响。
特殊人群使用注意
儿童使用需谨慎： 3岁以下儿童使用生理海水鼻喷雾剂时要特别小心，最好在医生或药师指导下使用，避免孩子因不配合导致喷头误触眼睛等情况，但一般规范使用时相对安全。孕妇及哺乳期女性： 孕妇和哺乳期女性使用生理海水鼻喷雾剂通常是安全的，因为它是局部外用，进入血液循环的量极少，不会对胎儿或婴儿产生明显不良影响，但也建议在使用前咨询医生，确保安全。