骨骼健康相关危害
儿童期：儿童维生素D缺乏可导致佝偻病，主要表现为生长中的骨骼病变，如颅骨软化、方颅、鸡胸、漏斗胸、O型腿或X型腿等。这是因为维生素D缺乏会影响钙、磷的吸收和代谢，使得骨骼矿化不足，影响骨骼的正常生长和发育。例如，有研究表明，维生素D缺乏的儿童患佝偻病的风险显著增加，而通过补充维生素D可以有效预防和改善佝偻病的症状。对于婴幼儿来说，由于其生长发育迅速，对维生素D的需求量相对较大，如果日常日照不足或摄入不足，很容易出现维生素D缺乏的情况。
成人期：成人维生素D缺乏可引起骨量减少，增加骨质疏松症的发生风险。骨质疏松症会使骨骼变得脆弱，容易发生骨折，常见的骨折部位包括脊椎、髋部和手腕等。随着年龄的增长，人体对维生素D的吸收利用能力下降，老年人如果维生素D缺乏，患骨质疏松的几率更高。长期维生素D缺乏还可能导致肌肉力量下降和肌肉疼痛，影响身体的活动能力，增加跌倒的风险，进而进一步增加骨折的发生可能性。
免疫系统相关危害
影响免疫细胞功能：维生素D对免疫系统的正常功能起着重要作用。它可以调节多种免疫细胞的活性，如T淋巴细胞、B淋巴细胞和巨噬细胞等。维生素D缺乏会导致免疫细胞功能异常，使机体的免疫防御能力下降，更容易受到病原体的侵袭。研究发现，维生素D缺乏的人群患感染性疾病的几率明显高于维生素D充足的人群，例如呼吸道感染、肠道感染等的发生率会有所升高。对于患有自身免疫性疾病的患者来说，维生素D缺乏可能会加重病情的发展。比如在多发性硬化症患者中，维生素D水平较低的患者病情往往更为严重，疾病进展更快。
心血管系统相关危害
影响血压调节：维生素D缺乏与高血压的发生发展密切相关。维生素D可以通过多种途径参与血压的调节，缺乏时可能导致血管紧张素系统失衡，引起血管收缩，进而使血压升高。有流行病学研究显示，维生素D水平较低的人群患高血压的风险比维生素D水平正常的人群高。长期的高血压又会进一步增加心血管疾病的发生风险，如冠心病、心力衰竭等。
影响血脂代谢：维生素D缺乏还可能影响血脂代谢。它可以参与胆固醇的代谢过程，缺乏时可能导致血脂异常，如甘油三酯升高、高密度脂蛋白胆固醇降低等。血脂异常是动脉粥样硬化的重要危险因素，而动脉粥样硬化是引发心血管疾病的关键病理基础，所以维生素D缺乏通过影响血脂代谢间接增加了心血管疾病的发生风险。
对其他系统的潜在危害
神经系统：维生素D缺乏可能与一些神经系统疾病相关，如抑郁症。有研究发现，维生素D水平较低的人群患抑郁症的几率相对较高。维生素D可能通过影响神经递质的合成和调节神经细胞的功能来参与情绪的调节，缺乏时可能导致神经递质失衡，从而增加抑郁症的发生风险。另外，还可能与认知功能下降有关，老年人如果维生素D缺乏，认知功能衰退的速度可能会加快。
内分泌系统：维生素D缺乏可能对内分泌系统产生影响，例如与糖尿病的发生发展有一定关联。维生素D可能参与胰岛素的分泌和作用调节，缺乏时可能导致胰岛素抵抗，影响血糖的正常代谢，增加患2型糖尿病的风险。
特殊人群方面，孕妇维生素D缺乏可能会影响胎儿的骨骼发育；老年人由于皮肤合成维生素D能力下降、日照时间减少等原因更容易缺乏维生素D，需要特别关注；儿童处于生长发育关键时期，对维生素D需求大，要保证其充足的维生素D摄入；深色皮肤人群因为皮肤中黑色素含量高，影响维生素D的合成，相对更容易出现维生素D缺乏的情况，需要更加注意通过饮食或补充剂来获取足够的维生素D。