一、甲癣
由皮肤癣菌等真菌感染甲板或甲床所致，真菌侵入后破坏甲的正常结构，可使大拇指指甲出现凹凸不平，常单侧发病，可通过真菌镜检、真菌培养等检查确诊，有脚气等其他部位真菌感染史者更易罹患。
二、营养不良
缺乏维生素（如维生素A、B族维生素等）、矿物质（如钙、铁等）会影响指甲的正常生长代谢，长期挑食、节食、饮食结构单一的人群易因营养摄入不足出现大拇指指甲凹凸不平，儿童若挑食也可能因营养不均衡引发此情况。
三、外伤
手指受到挤压、碰撞等外伤后，甲床受损，新生长的指甲可能无法正常发育，从而出现凹凸不平，通常有明确的手指外伤史，如重物砸到、被门夹等经历。
四、系统性疾病影响
某些系统性疾病可累及指甲，例如银屑病患者约50%会出现甲受累，表现为指甲凹凸不平、顶针样改变等；扁平苔藓也可能导致指甲出现纹理改变、凹凸不平，这类疾病往往伴随全身其他相应表现，如银屑病有皮肤红斑鳞屑等表现，扁平苔藓有皮肤多角形扁平丘疹等表现。
五、化学物质刺激
长期接触洗衣粉、洗洁精、消毒剂等碱性强的化学物质，会损伤指甲的角质层，影响指甲的正常结构与生长，从事餐饮、清洁等相关职业，频繁接触此类化学物质的人群较易出现大拇指指甲凹凸不平。