怀孕两个月B超未见明显胚芽，可能有以下原因：
1.孕周计算错误：如果月经周期不规律或末次月经时间不准确，可能导致孕周计算错误，实际孕周小于停经周数，从而在B超下未见明显胚芽。
2.胚胎发育不良：这是最常见的原因之一。如果胚胎染色体异常、受精卵质量差或其他原因导致胚胎发育缓慢或停止，可能在怀孕两个月时B超仍未见明显胚芽。
3.其他因素：子宫畸形、子宫内膜异位症、子宫肌瘤等子宫疾病，或孕妇患有全身性疾病如严重感染、高热、内分泌失调等，也可能影响胚胎发育，导致B超未见明显胚芽。
需要注意的是，B超未见明显胚芽并不一定意味着胚胎停止发育或存在严重问题。医生可能会建议进行以下进一步检查和处理：
1.复查B超：通常会在一周后复查B超，以确定孕囊和胚芽的发育情况。如果孕囊继续生长，出现卵黄囊、胚芽和胎心搏动，说明胚胎发育正常。如果仍然未见明显胚芽，可能需要考虑其他可能。
2.血清孕酮和人绒毛膜促性腺激素（hCG）测定：这两项指标可以帮助评估胚胎的发育情况。如果hCG水平隔日翻倍增长，提示胚胎发育良好；如果增长缓慢或下降，可能表示胚胎发育异常或存在其他问题。
3.其他检查：根据具体情况，医生可能会建议进行其他检查，如宫腔镜检查、免疫检查等，以排除其他潜在的原因。
如果经过一系列检查后，仍未见明显胚芽，且医生评估胚胎发育不良的可能性较大，可能需要采取以下措施：
1.等待自然流产：如果孕妇没有出现阴道流血、腹痛等症状，可以先观察等待，因为部分胚胎可能会自然流产。
2.清宫手术：如果胚胎停育时间较长，可能需要进行清宫手术，以清除宫腔内的残留物，避免感染和其他并发症。
每个孕妇的情况都不同，医生会根据具体情况制定个性化的诊疗方案。在等待检查和治疗的过程中，孕妇应保持良好的心态，注意休息，避免过度劳累和紧张。同时，按照医生的建议进行复查和治疗，以便及时发现和处理问题。如果对检查结果或治疗方案有任何疑问，应及时与医生沟通。