移植囊胚有一些禁忌情况。一般来说，严重心、肝、肾疾病患者不适合进行囊胚移植，比如患有严重冠心病，心功能Ⅲ级及以上的患者就不宜进行。另外，患有急性感染性疾病，如体温超过38℃的急性上呼吸道感染患者也不能进行囊胚移植。
身体状况不佳的禁忌情况
严重全身性疾病： 像患有未控制的高血压，血压持续高于160/100mmHg的患者，身体状况不允许囊胚移植，因为移植过程中可能会因血压波动引发危险。生殖系统疾病： 患有严重的子宫内膜异位症且经过评估不适合移植的患者，其子宫内环境不利于囊胚着床。
传染性疾病的禁忌
活动性肝炎： 处于活动期的乙型肝炎、丙型肝炎患者，病毒复制活跃，此时进行囊胚移植可能会导致病毒传播给胎儿等不良后果。艾滋病患者： 艾滋病患者本身免疫功能严重受损，进行囊胚移植会增加多种并发症风险，不适合进行。
心理及其他特殊禁忌
严重心理障碍： 患有严重抑郁症且未得到有效控制的患者，心理状态不稳定，无法配合移植过程以及后续的妊娠相关情况，不适合进行囊胚移植。染色体异常严重： 夫妻双方染色体存在严重异常，如平衡易位等情况非常复杂且难以通过囊胚移植获得正常妊娠的患者，也不适合进行囊胚移植。