霉菌内裤可通过高温水煮、使用含氯消毒剂浸泡、紫外线照射等方式消毒。
一、高温水煮消毒法
将内裤放入锅中，加入适量水，确保水没过内裤，大火煮沸15 - 30分钟。高温能有效杀灭霉菌。对于棉质内裤，高温水煮一般不会损害其材质；但化纤材质内裤需注意，长时间高温水煮可能导致变形，所以时间不宜过长。
二、含氯消毒剂浸泡消毒法
取适量含氯消毒剂，按说明书配制成合适浓度的溶液，将内裤完全浸没其中，浸泡30分钟左右。含氯消毒剂能破坏霉菌的结构从而杀菌。不过，此方法不适合真丝等 delicate 材质的内裤，以免损坏衣物。
三、紫外线照射消毒法
把内裤放在紫外线消毒灯下照射1 - 2小时。紫外线可穿透霉菌的细胞膜，破坏其DNA结构来达到消毒目的。但要注意照射时需将内裤各个面都照射到，保证消毒全面，且对于一些深色内裤，长时间紫外线照射可能会使颜色变暗。
对于有皮肤敏感问题的人群，在选择消毒方式时要格外谨慎。比如对含氯消毒剂过敏的人，就不能选用含氯消毒剂浸泡的方法；而糖尿病患者由于皮肤抵抗力相对较弱，更要确保内裤消毒彻底，可优先选择高温水煮的方式，且水煮时温度和时间要保证足够杀灭霉菌。