百日咳的典型症状是病程较长，通常分为卡他期、痉咳期和恢复期。卡他期一般持续1 - 2周，表现为类似普通感冒的症状，如咳嗽、流涕、打喷嚏等。痉咳期一般持续2 - 6周或更久，主要症状是阵发性、痉挛性咳嗽，咳嗽末伴有较长的鸡鸣样吸气性吼声。恢复期咳嗽逐渐减轻、停止，此阶段一般持续2 - 3周。
卡他期症状
卡他期时，患者会出现类似普通上呼吸道感染的表现，像轻微咳嗽、流涕等，这一阶段症状较轻，易被忽视，此期具有传染性。
痉咳期症状
痉咳期最为典型的是阵发性痉挛性咳嗽，咳嗽剧烈，发作时连续不断地咳十几声甚至数十声，直到咳出痰液或胃内容物，才会随着一次深长的吸气出现鸡鸣样吼声。这个阶段咳嗽频繁，严重影响患者的日常生活和睡眠。
恢复期症状
进入恢复期后，痉咳次数逐渐减少直至停止，鸡鸣样吼声也会消失。但在这一阶段，患者身体仍较为虚弱，需要一段时间来完全恢复。
对于婴幼儿来说，百日咳可能症状不典型，痉咳可能不明显，而表现为呼吸暂停、发绀等，需要特别关注，因为婴幼儿病情变化快，一旦发现异常需及时就医。成年人患百日咳时，痉咳期可能相对短一些，但也会有较为明显的咳嗽症状，且同样具有传染性，需注意隔离，避免传染给他人。