肛瘘自愈后可能会复发，以下是具体分析：
1.肛瘘是肛管或直肠与肛周皮肤相通的肉芽肿性管道，主要侵犯肛管，很少涉及直肠，故常称为肛瘘，多由肛管直肠周围脓肿引起。瘘口及窦道经切开或自行破溃后，伤口经久不愈，或愈合后又复发，而这类疾病多不能自愈。
2.引起肛瘘的原因有很多，比如结核杆菌、溃疡性结肠炎、克罗恩病等感染，会导致肛管直肠周围脓肿，进而形成肛瘘。如果这些病因没有得到有效治疗，肛瘘可能会复发。
3.虽然肛瘘手术后可能会暂时愈合，但如果患者存在引起肛瘘的潜在因素，如肛门局部感染、损伤、手术操作不当等，仍有可能导致肛瘘复发。
4.此外，一些患者可能存在肛瘘的高危因素，如糖尿病、免疫功能低下、长期使用免疫抑制剂等，这些因素会增加肛瘘复发的风险。
5.肛瘘手术后的护理也非常重要，如果患者不注意肛门局部的清洁、保持大便通畅、避免久坐等，也可能导致肛瘘复发。
因此，肛瘘自愈后仍有可能复发。患者在手术后需要注意饮食、保持肛门局部清洁，并遵医嘱进行定期复查，以便及时发现和处理可能出现的问题。如果出现肛瘘复发的症状，应及时就医，以便采取适当的治疗措施。