巧克力囊肿患者CA125达到四千是不正常的，CA125正常参考值一般小于35U/mL，明显升高提示可能存在病变进展等情况。
一、巧克力囊肿要做的检查——影像学检查
超声检查： 是诊断巧克力囊肿的常用方法。经阴道超声检查准确性较高，可发现附件区囊性包块，边界多欠清，内可见细密点状回声。一般在月经周期的特定时间检查，能更好地观察囊肿情况。磁共振成像（MRI）： 对巧克力囊肿的诊断也有一定价值，能更清晰地显示囊肿的位置、大小以及与周围组织的关系，尤其对盆腔深部和特殊部位的囊肿显示优于超声。
二、巧克力囊肿要做的检查——血液检查
CA125测定： 除了前面提到的数值异常外，巧克力囊肿患者血清CA125水平可能会升高，但一般多在几百U/mL，像达到四千这种明显升高情况，需警惕是否有恶变等情况。同时还可能会检测其他肿瘤标志物，如癌胚抗原（CEA）、癌抗原19 - 9（CA19 - 9）等，辅助判断病情。
三、巧克力囊肿要做的检查——腹腔镜检查
诊断价值： 腹腔镜检查是诊断巧克力囊肿的金标准。通过腹腔镜可以直接观察盆腔内情况，看到囊肿的外观、大小、与周围组织的粘连情况等，还可以在直视下取组织进行病理检查，明确囊肿性质，同时如果是较轻微的巧克力囊肿，还可在腹腔镜下进行相应的治疗操作，如囊肿剥除术等。