怀孕40天，选择药流还是人流，需要综合考虑多方面因素，以下是一些建议：
1.药流：药流适用于怀孕49天内的早期妊娠。药流的优点是无需手术，对子宫的损伤较小，术后恢复较快。但药流也有一些缺点，如药流可能会失败，需要再次清宫；药流可能会引起出血时间较长、出血量较多等并发症。
2.人流：人流适用于怀孕10周内的早期妊娠。人流的优点是成功率较高，手术时间较短，出血量较少。但人流也有一些缺点，如手术需要扩张宫颈，可能会引起疼痛和不适；人流对子宫的损伤较大，术后恢复较慢。
3.个人身体状况：在选择药流还是人流之前，需要考虑个人的身体状况。如果有以下情况，可能不适合药流或人流：
药流：患有心脏疾病、血液疾病、内分泌疾病、肝肾功能不全等疾病；
人流：患有急性生殖道炎症、各种慢性疾病的急性发作期、术前两次体温在37.5℃以上等。
4.医生建议：最终的选择应该根据医生的建议来决定。医生会根据你的具体情况，包括怀孕时间、孕囊大小、个人身体状况等，综合评估药流和人流的优缺点，并给出合适的建议。
需要注意的是，药流和人流都有一定的风险，可能会引起出血、感染、残留等并发症。因此，在决定药流或人流之前，一定要咨询专业医生，并在医生的指导下进行。同时，术后要注意休息，加强营养，避免劳累和着凉，遵医嘱进行复查。