扁桃体发炎反复发烧多是因为致病微生物感染且未得到有效控制。致病微生物包括细菌（如A组乙型溶血性链球菌等）、病毒（如腺病毒等），当人体抵抗力下降时，这些微生物容易入侵扁桃体引发炎症，炎症持续存在就会导致反复发烧。
一、细菌感染未彻底清除
若由细菌感染引起扁桃体炎，如A组乙型溶血性链球菌感染，机体免疫系统与细菌斗争过程中会引发发烧，若抗生素使用不规范，细菌未被完全杀灭，就会持续引发炎症反应导致反复发烧。儿童免疫系统发育尚不完善，相对成人更易因细菌感染出现扁桃体发炎反复发烧情况。
二、病毒感染持续作用
病毒感染也可导致扁桃体发炎反复发烧，像腺病毒感染，病毒在体内持续复制，刺激机体免疫系统，即使采取了一些对症处理，病毒未被完全清除前，炎症状态持续，就会出现反复发烧现象。老年人由于机体功能衰退，免疫力相对低下，病毒感染后更易出现扁桃体发炎反复发烧且恢复相对较慢的情况。
三、机体自身免疫因素影响
人体自身免疫反应在对抗扁桃体炎症时，若免疫反应过于强烈且调节失常，也可能导致发烧反复。比如一些自身免疫性相关因素参与时，免疫系统错误攻击扁桃体组织的同时，炎症持续，引发反复发烧。处于压力大、作息不规律等不良生活方式下的人群，自身免疫力易受影响，更易出现扁桃体发炎反复发烧状况。
四、未做好生活护理
患病期间若没有注意休息、合理饮食等，比如继续过度劳累、进食辛辣刺激性食物等，会影响身体恢复，导致扁桃体炎症难以消退，进而出现反复发烧。婴幼儿不会准确表达身体不适，若家长护理不当，如保暖不合适等，也易让扁桃体发炎反复发烧情况持续。