清除血栓的方法需根据血栓的部位、类型等因素来定。一般来说，对于急性动脉血栓等情况，可通过药物等方式来尝试清除，但不同情况有不同处理。
药物溶栓治疗
常用溶栓药物：尿激酶是常用的溶栓药之一，可激活纤溶酶原变为纤溶酶，溶解血栓。例如在急性心肌梗死的治疗中，有时会使用尿激酶进行溶栓。链激酶：能促进体内纤维蛋白溶解系统的活性，使纤维蛋白溶酶原转变为活性的纤维蛋白溶酶，降解血栓中的纤维蛋白。不过链激酶可能会引起过敏等反应。
手术取栓治疗
外周血管取栓：对于肢体等外周血管的血栓，可通过手术切开血管直接取出血栓。比如下肢动脉栓塞的患者，在符合手术指征时可进行手术取栓。手术一般在发病后6 - 8小时内进行效果较好，能尽快恢复血管通畅。脑血管取栓：在急性脑梗死发病6小时内（部分情况可延长至24小时内），对于大血管闭塞的患者，可通过机械取栓等手术方式取出血栓，挽救缺血半暗带的脑组织。
抗凝治疗预防新血栓形成
普通肝素：通过与抗凝血酶Ⅲ结合，增强其对凝血因子的抑制作用。一般需要监测凝血指标，根据情况调整剂量。比如在急性肺栓塞的治疗中，常初始使用普通肝素抗凝。低分子肝素：相比普通肝素，出血风险相对较低，皮下注射即可。像深静脉血栓形成的患者，可使用低分子肝素进行抗凝治疗，一般需要持续使用一段时间，根据病情调整。
介入治疗清除血栓
动脉导管溶栓：通过动脉穿刺置入导管到血栓部位，直接注入溶栓药物，局部药物浓度高，能更有效地溶解血栓。例如对于冠状动脉内的血栓，可通过介入的方式进行导管溶栓。血管内超声消融：利用超声能量破碎血栓，使其变成细小颗粒，便于被机体吸收。这种方法适用于一些特定部位的血栓清除，但有一定的技术要求和适用范围。