药物堕胎主要使用米非司酮配伍米索前列醇，不过药物堕胎存在一定危害。据临床数据显示，药物堕胎的不完全流产率约为10%-15%。
造成不完全流产
表现情况： 用药后胚胎组织不能完全排出，会导致阴道大量出血，出血时间可长达10-15天甚至更久。此时需要再次进行清宫手术，对子宫的伤害进一步加大，还可能引发贫血、感染等问题。比如有的女性用药后阴道流血量明显多于月经量，且持续不止，就很可能是不完全流产。风险因素： 怀孕天数较大的女性，药物堕胎不完全流产的风险相对更高。一般怀孕天数超过7周，药物堕胎不完全流产的几率会比怀孕天数在49天内的有所增加。
引发感染
感染途径： 药物堕胎过程中，阴道流血时间较长，子宫颈口处于开放状态，细菌容易逆行感染，引发子宫内膜炎、盆腔炎等。严重的感染可能会导致输卵管粘连、堵塞，进而影响以后的受孕，甚至引发宫外孕等情况。例如有的女性在药物堕胎后出现下腹部疼痛，伴有发热、阴道分泌物有异味等症状，就是发生了感染。感染表现： 除了腹痛、发热、分泌物异常外，还可能出现白细胞升高、C反应蛋白升高等炎症指标异常的情况。
对内分泌系统的影响
激素变化： 药物堕胎会影响女性体内的激素水平。米非司酮和米索前列醇会干扰孕激素等的正常分泌，可能导致内分泌紊乱。短期可能出现月经失调，表现为月经周期紊乱、月经量异常等。有的女性在药物堕胎后2-3个月内月经都不太规律，有的月经量增多，有的月经量减少。长期来看，内分泌紊乱还可能影响卵巢的正常功能，导致排卵异常等问题，进而影响生育能力。
心理创伤
情绪影响： 药物堕胎对女性的心理也会造成一定创伤。很多女性在经历药物堕胎后会出现焦虑、抑郁等情绪问题。一方面是担心手术效果、身体恢复情况，另一方面是对未来生育等问题的担忧。比如有的女性在药物堕胎后长时间处于情绪低落状态，对日常生活和工作都产生了负面影响。