对于脑部钙化灶的治疗，首先，要查找引起脑部钙化灶的原因。脑部的钙化灶多是在CT检查的时候发现，大部分钙化灶属于功能性的，没有器质性疾病表现，特别是脉络丛的钙化，随着年纪的增长，人体内脑组织会出现微量元素的沉积，就可以出现钙化灶，对于这种情况不必治疗。
其次，临床上有些疾病可以出现脑部的钙化灶，比如甲状腺功能异常，病人可以出现这种桥本氏脑病，病人可以表现为双侧基底节出的钙化灶。
对于这种情况，要给予病人积极的治疗甲状腺功能，如果是甲亢的给予赛治口服，如果是甲减给予优甲乐口服，同时配合改善脑神经功能的药物治疗。
最后，脑部钙化灶临床上也可以见于一氧化碳中毒之后的迟发性脑病，必要的时候可以给予病人高压氧的治疗，也可以配合营养脑细胞、改善脑代谢的药物，比如脑蛋白水解物片、胞磷胆碱片等。
临床上有部分病人的钙化灶，是由于脑囊虫虫体死后遗留的，对于这种情况建议一年左右复查，不必进行治疗。