奥美拉唑是常用的抑制胃酸分泌药物，但也有一些副作用。大约有3% - 4%的人使用奥美拉唑后可能出现头痛、腹泻等较轻的副作用。
消化系统方面的副作用
胃肠道不适：部分人服用奥美拉唑后可能出现恶心、呕吐的情况，少数人会有腹痛症状。比如有的患者服用后感觉肚子隐隐作痛，但一般程度较轻，停药后多能缓解。便秘或腹泻：有些使用者会出现便秘的状况，也有个别人会发生腹泻。不过通常这些胃肠道的不适症状在停药后会逐渐消失。
神经系统的副作用
头痛：大约有1% - 2%的人服用奥美拉唑后会出现头痛症状，一般是轻微到中度的头痛，多数人可以耐受，不需要特殊处理，但如果头痛持续不缓解或加重，就需要就医评估。头晕：少数人服用后可能会有头晕的感觉，所以在服用奥美拉唑期间，不建议驾驶车辆、操作机械等需要高度集中注意力的活动。
代谢与营养方面的影响
维生素B12缺乏：长期（比如连续使用1年以上）大剂量使用奥美拉唑可能会影响维生素B12的吸收，不过这种情况相对比较少见。但长期用药的患者需要关注自身是否有贫血等维生素B12缺乏的相关表现，如乏力、面色苍白等。钙吸收可能受影响：有研究提示长期使用奥美拉唑可能对钙的吸收有一定影响，不过一般短期使用通常不会有明显问题。对于本身有骨质疏松风险的人群，长期使用奥美拉唑时需要注意钙的补充。
其他方面的副作用
皮疹：个别患者服用奥美拉唑后可能出现皮疹，这属于药物过敏反应的一种表现，如果出现皮疹且伴有瘙痒等不适，应立即停药并就医。肝功能异常：少数人服用奥美拉唑后可能出现肝功能指标异常，如转氨酶升高等，但发生概率较低。一般在用药期间定期检查肝功能，如果发现异常需及时咨询医生。