后脑勺偏头痛的原因比较复杂，可能与以下因素有关。
1.颈椎病变：颈椎病变可刺激或压迫椎动脉周围的交感神经丛或颈部其他交感神经，使椎动脉痉挛、颈部肌肉收缩，导致椎动脉供血不足，引发偏头痛。
2.神经痛：神经痛是神经科常见症状之一，此种疼痛是指在没有外界刺激的条件下而感到的疼痛，又称为自发痛。病因不明者称为原发性神经痛，有明确病因者称继发性（或症状性）神经痛。
3.枕大神经痛：是一种无菌性炎症反应，可导致患者一侧或双侧后枕部或头顶部疼痛，呈间歇性发作，或呈持续性发作，疼痛性质为跳痛、刺痛、灼痛、胀痛、牵扯样痛，颈部活动、咳嗽、打喷嚏、弯腰可使头痛加重。
4.肌紧张性头痛：又称为肌收缩性头痛，是最常见的功能性头痛，约占门诊头痛患者的半数左右。主要为颈部和头面部肌肉持续性收缩而产生的头部压迫感、沉重感，有的患者自诉为头部有“紧箍”感。
5.其他：高血压、低血压、贫血、脑血管疾病、颈椎病、内分泌疾病等，也可引起后脑勺偏头痛。
需要注意的是，后脑勺偏头痛还可能有其他原因。如果经常出现后脑勺偏头痛，建议及时就医，明确病因，以便进行针对性治疗。同时，在日常生活中，要注意保持良好的生活习惯，避免长时间低头、伏案工作，注意颈部保暖，避免头部受到风寒刺激。