怀孕四十天做B超不一定能查出来，一般怀孕三十五天后可以通过B超在子宫内看到孕囊，但也存在个体差异。
对于月经周期规律的女性，怀孕四十天时孕囊可能已经到达子宫腔，但如果月经周期不规律，受孕时间较晚，孕囊可能还未在子宫内着床，此时做B超可能无法看到孕囊。此外，即使孕囊已经在子宫内着床，B超也可能因为孕囊太小或位置不佳而无法清晰显示。
需要注意的是，过早进行B超检查可能会对胚胎造成不良影响，因此不建议过早进行B超检查。如果没有特殊情况，可以在怀孕6-8周时进行B超检查，以确定孕囊的位置、大小和胚胎发育情况。
对于一些特殊人群，如曾经有过宫外孕史、习惯性流产史、高龄产妇等，医生可能会根据具体情况提前安排B超检查，以排除宫外孕或其他异常情况。
此外，在怀孕早期，还可以通过检测血清HCG（人绒毛膜促性腺激素）和孕酮水平来辅助判断是否怀孕和胚胎发育情况。如果血清HCG水平隔日翻倍增长，提示胚胎发育良好。
需要强调的是，每位孕妇的情况都不同，具体的检查时间和方法应根据个人情况和医生的建议进行。在怀孕期间，应遵循医生的指导，按时进行产前检查，以确保胎儿的健康发育。如果对怀孕早期的检查有任何疑问，应及时与医生沟通。