阿奇霉素可能会引发多种副作用。一般来说，约10%左右的人在使用阿奇霉素后会出现胃肠道方面的不适，比如恶心、呕吐、腹痛、腹泻等症状。
胃肠道系统副作用：
恶心呕吐： 部分人服用阿奇霉素后，会感觉胃部不适，出现恶心的情况，严重时可能会引发呕吐。这种情况在空腹服用阿奇霉素时相对更易发生。腹痛腹泻： 用药后可能出现腹痛，腹泻的频率也因人而异，有的可能只是轻微腹泻，每天几次，有的可能腹泻次数较多。
神经系统副作用：
头痛： 有少部分人在服用阿奇霉素后会出现头痛症状，头痛程度轻重不一，有的是轻微的头部隐痛，有的可能较为明显。头晕： 部分人会感觉头晕，走路或站立时可能会有不稳的感觉。
皮肤及附件副作用：
皮疹： 个别人可能会出现皮疹，表现为皮肤出现红色的小丘疹，可能伴有瘙痒。瘙痒： 服用阿奇霉素后，有的患者会感觉皮肤瘙痒，尤其是在皮疹出现的部位瘙痒感可能更明显。
其他可能的副作用：
肝功能异常： 虽然比较少见，但个别情况下服用阿奇霉素可能会引起肝功能指标的异常，如转氨酶升高等。不过通常在停药后会逐渐恢复，但用药期间需要定期监测肝功能。过敏反应： 极个别对阿奇霉素过敏的人可能会出现严重的过敏反应，如呼吸困难、喉头水肿、过敏性休克等，一旦出现需立即就医抢救。