自身免疫脑炎部分患者可以临床缓解，但很难说完全断根。一般来说，经过规范治疗，约60% - 70%的自身免疫脑炎患者在数月到数年内能达到临床显著改善，但仍有部分患者会遗留不同程度的认知、精神等方面的问题。
治疗方式及效果
药物治疗为主： 常用的有免疫球蛋白、糖皮质激素等药物。比如使用糖皮质激素时，通过抑制免疫系统过度反应来控制病情。一般需要较长时间的治疗过程，可能需要数月甚至数年的规范用药来逐步控制病情。个性化治疗： 由于自身免疫脑炎的发病机制复杂，医生会根据患者具体的抗体类型等情况制定个性化治疗方案。不同患者对药物的反应可能不同，有的患者经过积极治疗后病情能得到较好控制，但也有部分患者病情容易反复。
病情预后情况
早期干预很重要： 发病后如果能尽早开始规范治疗，预后相对较好。研究显示，发病后2周内开始治疗的患者，预后良好的比例相对更高。而如果延误治疗，可能会导致更严重的神经系统损伤，影响预后。部分患者会复发： 有相当一部分自身免疫脑炎患者在病情缓解后可能会出现复发情况。复发时可能需要再次调整治疗方案，这也增加了病情控制的难度，所以很难说能完全断根不再复发。
康复与随访
康复训练辅助： 在病情稳定后，需要进行康复训练来帮助患者恢复受损的功能。比如认知功能障碍的患者需要进行针对性的认知康复训练，可能需要数周到数月的康复训练过程来逐步改善症状。长期随访监测： 患者需要长期进行随访监测，医生会定期评估患者的病情变化、神经系统功能等情况。一般需要数年甚至更长时间的随访，以便及时发现病情变化并调整治疗和康复方案。